Esta provavelmente não é a resposta que você quer ouvir, mas: compre um disco mais rápido. Um SSD, se você puder pagar (mas faça algumas pesquisas primeiro; os SSDs baratos costumavam ser mais lentos que os HDDs).
Se falhar, obter mais RAM para que possa ser usado para o cache de disco pode ser uma opção. Especialmente se você tiver um laptop e usar suspender em vez de desligar. Não ajudará na inicialização, mas o lançamento de aplicativos que você fechou recentemente será mais rápido. Isso pressupõe que seus problemas de velocidade atuais são causados pela falta de RAM; se você tem o suficiente, não vai ajudar em nada.