O compilador Cygwin é usado para compilar programas POSIX (como aqueles usados no Linux) para o MS-Windows. Quase nunca é útil em um desktop Linux, a menos que você queira " fazer a compilação cruzada " de programas para o MS-Windows a partir do seu Ubuntu área de trabalho.
Eu suspeito que o que você quer fazer é baixar o software que vem em .tar.gz archives (também conhecido como "tarballs") e usá-los no seu desktop Ubuntu. Para fazer isso você precisa de um compilador, mas não do Cygwin - você precisa do GCC. Use o Centro de Software do Ubuntu para instalar o "gcc", abra seu tarball (o arquivo que termina com .tar.gz ) para um diretório vazio, abra um terminal e cd para esse diretório e execute ./configure e se isso for concluído sem erros , execute make e make install . Isso fará com que o software seja instalado para o seu usuário local. Você também pode querer ler o documento Compilando Fácil Como para aprender como abordar melhor esse processo.
É importante notar que a maioria dos softwares que você gostaria de usar já está incluída no Centro de Software do Ubuntu, então eu sugiro que você sempre inicie sua busca de software - software distribuído pelo Ubuntu é muito mais provável de ser mais seguro e melhor você faz o download da internet. Mesmo que você não encontre exatamente o que está procurando, pode encontrar alternativas úteis.