A primeira etapa é copiar o arquivo .desktop para ~/.local/share/applications e editar essa versão. ~/.local/share/applications anula o .desktop de /usr/share/applications .
Os que estão em /usr/share/applications são recriados provavelmente para evitar que arquivos mal-intencionados do desktop colidam. Unity: em caso de falha, ele pode voltar para a versão inalterada.