Eu não entendo completamente sua pergunta, então tenho medo de que minha resposta inclua um pouco de informação irrelevante.
Quando você usa o Wubu, o Ubuntu reside em uma imagem de disco, que vive como um único arquivo na partição do Windows ( c:\ubuntu\disks\root.disk ). Sua pasta home do Ubuntu também está lá. Isso, a propósito, torna todo o acesso a disco muito mais lento quando você inicializa o Ubuntu através do Wubi, comparado a uma instalação nativa, ou pelo menos essa é a minha impressão.
Quando você realmente inicializou no Ubuntu, você pode acessar o sistema de arquivos do Windows em /host , que é a única diferença de estrutura de diretório que eu posso imaginar. (Quando você usa uma instalação regular do Ubuntu ao lado do Windows, em uma configuração de inicialização dupla, o sistema de arquivos do Windows geralmente está em /media/disk ou algo similar.)
Eu não tenho jogado com um sistema Wubi há muito tempo, mas acho fácil acreditar que o Wubi cria um link simbólico (ou alguns) do seu diretório home do Ubuntu para sua pasta pessoal do Windows. Eu não acho que o diretório home inteiro será compartilhado - Ubuntu e Windows usam sistemas de arquivos diferentes que suportam diferentes recursos, têm diferentes restrições de nome de arquivo, etc - mas eu suponho que a pasta Desktop possa ser.