Eu tive um problema parecido com o meu hdd (Scorpio blue WD2500BEVT), mas resolvi definindo o link sata para min_power em vez do padrão max_performance: como root, verifique os arquivos em: /sys/class/scsi_host/host0/link_power_management_policy
e /sys/class/scsi_host/host1/link_power_management_policy
, etc.
se você obtiver max_performance, altere-o:
echo min_power > /sys/class/scsi_host/host0/link_power_management_policy
o mesmo nos outros arquivos. Observe que isso retornará ao padrão quando você reiniciar, ou quando você voltar de um modo suspenso, então você terá que aplicar isso todas as vezes.
Eu também configurei hdparm para -B128
. Se nada disso funcionar, tente monitorar seu disco rígido e verifique quantas vezes ele foi acessado, talvez modificando seu arquivo fstab, google it, sobre como melhorar o disco rígido. Espero que isso ajude você, isso me deixou muito chateado.