Você pode tentar fazer isso sem recodificar, mas, como só pode cortar em quadros-chave, ele possivelmente não se alinhará aos tempos de corte desejados. Portanto, se precisar de precisão, será necessário codificar novamente:
ffmpeg -i input.mp4 -filter_complex \
"[0:v]trim=end=660,setpts=N/FRAME_RATE/TB[v0]; \
[0:a]atrim=end=660,asetpts=N/SR/TB[a0]; \
[0:v]trim=start=670,setpts=N/FRAME_RATE/TB[v1]; \
[0:a]atrim=start=670,asetpts=N/SR/TB[a1]; \
[v0][a0][v1][a1]concat=n=2:v=1:a=1[v][a]" \
-map "[v]" -map "[a]" output.mp4
- (a) trim permitirá que você escolha seus clipes.
- (a) os setpts redefinem os carimbos de hora.
- concat concatena os clipes.
Veja Documentação do filtro FFmpeg para detalhes sobre cada filtro.