Os ícones da área de trabalho são exibidos pelo desktop xfce4, não pelo gerenciador de arquivos Thunar, ao contrário dos desktops gnome e unity. Isso deve mudar em versões futuras, mas por enquanto não há nada que você possa fazer.
[informações adicionais]
Se você atualizar para o Xubuntu 12.04, a opção de um único clique em lançadores / arquivos da área de trabalho está lá. Ele foi transferido da nova versão do XFCE, que estará disponível no Xubuntu 12.10.