Sim, você pode, mas não seria sensato, já que você parece ter problemas de compiz e unidade, e estes podem ser relacionados a perfis ou sistemas, então a aposta mais segura é:
cp --recursive --preserve=timestamps /home/szYourUser /media/backup/szYourUser
reinstale e copie somente seus documentos, vídeos, músicas, ... pastas de volta e conclua o processo.
Para aplicações individuais importantes, você pode restaurar arquivos de configuração ocultos individuais, mas eu definitivamente não restauraria todo o /home
a menos que você saiba exatamente de onde o problema está vindo e exclua esses arquivos de configuração ...