1) Minha experiência Eu não tive problemas de GUI usando os drivers da NVIDIA, embora eu tenha experimentado menos estabilidade. Quanto a segurança, você deve ser capaz de desinstalar apenas os drivers nvidia se você tiver problemas e ele deve reverter para usar drivers nouveau novamente.
2) A instalação de drivers NVIDIA deve adicionar as configurações do NVIDIA X Server, o que permitirá que você selecione qual GPU deve ser usada. Desde a última vez que usei isso, os drivers NVIDIA por si só permitem que você selecione um para usar e um relogin é necessário para alternar. Há coisas como bumblebee e alguns outros que permitem que você rode em gráficos intel por padrão e execute especificamente programas no nvidia gpu.
3) Especificamente para o seu caso de uso eu não sei, mas veja o zangão.