Pergunta 1 Editando arquivos de configuração
Você usa sudo na frente do seu editor de texto quando tenta editar /etc/apt/sources.list?
Isso é necessário para editar qualquer arquivo dentro do diretório /etc/ .
Por exemplo, sudo nano /etc/apt/sources.list
Para mais informações sobre sudo e acesso direto no Linux, você pode ver link
Pergunta 2 .Xauthority
Você está em uma distribuição de servidor Ubuntu (somente console) ou com uma interface gráfica?
Pergunta 3 Acesso às preferências
Se você estiver em uma edição padrão do Ubuntu (com Unity como GUI), as preferências são o ícone de engrenagem ⚙ na barra lateral.