Eu criei uma VM do VirtualBox FreeBSD-11.1-amd64 com /usr/lib/virtualbox/VBoxManage createvm --name FreeBSD-11.1-amd64 que foi bem-sucedida de acordo com a saída
Virtual machine 'FreeBSD-11.1-amd64' is created.
UUID: c71b2a99-6d87-460e-98ab-6baa2db94e54
Settings file: '/root/VirtualBox VMs/FreeBSD-11.1-amd64/FreeBSD-11.1-amd64.vbox'
No entanto, a saída de /usr/lib/virtualbox/VBoxManage list vms está vazia, mas a execução do comando de criação acima falha novamente porque a VM já existe.
Afaik isso só faz sentido se a VM criada for um gato.
Estou trabalhando em uma instância do docker sem cabeçalho de ubuntu:artful no Ubuntu 17.10.
De meus testes você perdeu a opção --register ao criá-la, então seu comando deve ter sido:
VBoxManage createvm --name "FreeBSD-11.1-amd64" --register
Com isso, um VBoxManage list vms teria mostrado que vm. Para corrigir esse erro, registre-o com este comando:
VBoxManage registervm /path/to/file/FreeBSD-11.1-amd64.vbox
Agora, execute VBoxManage list vms para garantir que agora seja visto por Virtualbox