O objeto conky que você está usando fornece o tamanho da partição de disco montada em / . No seu caso, isso é 41G do qual você está usando 8.4G. Então a saída conky está correta.
Você particionou seu disco rígido em pelo menos três partições. sda1 é seu /boot e sda3 é / . Presumivelmente, você também tem sda2 , mas parece que não está montado.