O objeto conky que você está usando fornece o tamanho da partição de disco montada em /
. No seu caso, isso é 41G do qual você está usando 8.4G. Então a saída conky está correta.
Você particionou seu disco rígido em pelo menos três partições. sda1
é seu /boot
e sda3
é /
. Presumivelmente, você também tem sda2
, mas parece que não está montado.