Não é possível adicionar um comentário em questão devido à baixa reputação, mas aqui está a discussão de bugs em andamento . Uma solução alternativa (não ideal, eu sei, e não funciona para textos já destacados) seria alterar a cor do marcador padrão ...
Para fazer isso (Okular v1.1.3), vá para Configurações - > Configurar o Okular - > Anotações - > Selecione o marcador na lista "Ferramentas de anotação" - > Editar - > E mude a cor padrão.