Eu acho que o wmctrl está procurando por um texto na barra de título e não o nome do programa, então se você estiver abrindo "myvideo.mkv" no totem, a barra de título irá ler "myvideo. mkv "não" totem "então você tem que mudar o parâmetro de busca" totem "para o nome do vídeo.
Veja como a barra de título muda e você deve ser capaz de controlar o ti com 'wmctrl'