Ok, eu sou tão idiota:)
Tudo o que eu tinha que fazer era reiniciar o Maya depois de definir as Preferências - > Windows - > Chave de movimento e defina-a como Super. Agora você arrasta suas janelas usando Super + clique, e no Maya sua tecla ALT se comporta como esperado.
Eu estava prestes a deletar essa pergunta, mas deixarei no sistema, caso alguém tenha o mesmo erro ... Felicidades!