Não tenho certeza se este é exatamente o mesmo problema que você teve, mas alguns dias atrás, após uma atualização do Windows, meu Linux Mint parou de funcionar, com erros ACPI AE_NOT_FOUND. Acontece que, o motivo foi que ele tentou montar unidades NTFS na inicialização, e a atualização do Windows trocou "inicialização rápida" novamente em , o que torna o tempo de inicialização do Windows mais rápido, mas também causa um estado inconsistente Partições NTFS (entre outras coisas, como eu entendo, este era apenas o meu caso), tornando-as inacessíveis a qualquer outro sistema operacional, já que as "partes faltantes" do estado consistente da partição são armazenadas em uma estrutura de dados interna e somente legível pelo windows.
Como essa pergunta tem quase um ano, isso pode não ser uma informação útil para você, mas sua pergunta está na primeira página ao pesquisar problemas semelhantes, por isso pode ajudar algumas pessoas.
O procedimento para desativar a inicialização rápida no Windows