O Powertop precisa primeiro gravar alguns ajustes no arquivo de preferências antes de poder recommentar as configurações de ajuste automático. Execute
sudo powertop --calibrate
enquanto alimenta seu laptop apenas pela bateria e o deixa em paz por algum tempo. Isso pode levar até uma hora, para estar seguro. Deixe ainda em execução após a guia de medidas ser exibida. Verifique também se a suspensão automática está desativada nas configurações do sistema.
Depois disso, saia do programa com Esc e você poderá iniciá-lo com
sudo powertop --auto-tune