Se você não quiser que ele seja reinicializado automaticamente, faça com que a seção fique assim:
// Automatically reboot *WITHOUT CONFIRMATION*
// if the file /var/run/reboot-required is found after the upgrade
Unattended-Upgrade::Automatic-Reboot "false";
Eu defini assim e funciona.
Esta página diz que não reinicializar é o padrão, mas tenho certeza que está errado. Acho que a primeira vez que o meu sistema instalou automaticamente um kernel (antes de eu alterar a configuração), ele reinicializou. Mas em ambos os casos, a configuração acima irá impedi-lo.