Ao entrar, ele desbloqueia o chaveiro gnome usado para armazenar senhas criptografadas. O login automático ignora o desbloqueio deste chaveiro gnome, portanto, quando um programa solicitar a sua utilização, você ainda precisará fazer login. Para desativar o login automático, remova esses pop-ups. Há também uma maneira adicional de desabilitar o pop-up na segunda resposta deste post: Como desabilitar o pop-up" desbloquear seu chaveiro "?