Quando você inicializa no LiveOS a partir de um dispositivo USB, seu sistema está sendo "carregado na RAM" (na verdade, é uma camadas de RAM por USB com o USB sendo somente leitura e as alterações do sistema de arquivos refletidas na RAM). O espaço que você tem disponível para você não depende do tamanho do pen drive, mas da quantidade de memória RAM que você tem no seu computador. Todas as alterações feitas no LiveOS são feitas na RAM, não no pen drive. Parece que, ao tentar instalar aplicativos, você está preenchendo o sistema de arquivos temporário (ou melhor, a camada do sistema de arquivos) que foi criado para você na RAM.