O que você chama de "terminal vazio" é um terminal com seu shell padrão (provavelmente bash ) em execução. É bash (mais precisamente, a biblioteca readline abaixo) que manipula pressionamentos de tecla e decide tocar a campainha em certas condições, como em um backspace quando não há nenhum caractere para remover.
Para silenciar o seu shell, com base na página de manual bash(1) , você deve colocar esta linha no seu arquivo ~/.inputrc :
set bell-style none