Sim e não!
Quando você cria uma nova partição usando o GParted, ela oferece uma opção para formatar a sua escolha do FSType. Se você não formatar, a partição ficará inutilizável.
Para instalar o Ubuntu, você precisa da partição ext [n] type pelo menos para diretórios do sistema, como /
, /boot
, /var
. Não tenho certeza se você pode ter /home
na partição NTFS ou FAT. Se você não tem certeza ou não quer partições separadas, então é melhor criar uma única partição ext4 para /
.