Os programas podem ter acesso à área de transferência, por exemplo, você copia algum texto de uma página da Web e cola-o no gedit. Isso nunca deve acontecer sem a interação do usuário, a menos que o KeePassX tenha uma vulnerabilidade de segurança que outro malware (muito raro em sistemas Unix) possa usar. Não use software em que você não confia.
Se você quiser diminuir a probabilidade de suas senhas serem transferidas para outra pessoa, criptografar sua pasta de início, trocar e usar a senha, use uma senha de login boa e desative a lista de nomes de usuário no gerenciador de login (como o gdm). Dessa forma, a única maneira possível de obter acesso às suas senhas é quando o KeePassX está em execução, ou seja. quando você está logado e tem alguns programas antigos inseguros em execução.