Você pode definir sftp para efetuar login usando key , o que permitirá que você execute a operação semelhante a ftp sem a necessidade de uma senha (você também pode usar scp - secure copy over ssh )
Para isso, você precisará criar chaves privadas e públicas e colocar sua chave pública no servidor.
Crie chaves: Execute os seguintes comandos no servidor Ubuntu:
$> ssh-keygen -t rsa
Pressione ENTER para todas as opções solicitadas. Nenhum valor precisa ser digitado.
Agora copie .ssh/id_rsa.pub para o seu servidor Windows
Supondo que você tenha o OpenSSH no seu servidor Windows:
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Navegue até um subdiretório .ssh do diretório inicial da sua conta. Você pode precisar ativar a exibição de arquivos ocultos para ver o diretório. Se o diretório não existir, você precisará criá-lo primeiro.
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Uma vez lá, abra um arquivo authorized_keys para edição. Novamente, você pode ter que criar este arquivo, se esta for sua primeira chave.
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selecione todo o texto na caixa Public key for pasting no arquivo authorized_keys e copie-o para a área de transferência (Ctrl + C). Em seguida, volte para o editor e insira os dados no arquivo aberto, certificando-se de que tudo acabe em uma linha. Salve o arquivo.
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Certifique-se de que o diretório pessoal da sua conta, seu diretório .ssh e seu arquivo authorized_keys não sejam graváveis em grupo ou editáveis pelo mundo. As permissões recomendadas para o diretório .ssh são 700. As permissões recomendadas para arquivos authorized_keys são 600. Leia mais sobre como alterar permissões.
Para definir o servidor OpenSSH no Windows: link
Configure a autenticação de chave pública de SSH: link
Como gerar chaves públicas / privadas de SSH: link