Para quem se deparar com isso, embora o synclient não tenha nenhuma opção "NaturalScrolling" explícita, ele tem "VertScrollDelta" e "HorizScrollDelta". Basta defini-los para valores negativos inverte a direção de rolagem: synclient VertScroll=-79
, synclient HorizScroll=-79
.
Então, na sua configuração do i3,
exec synclient VertScroll=-79 synclient HorizScroll=-79