O diretório /usr/share/mime e seu subdiretório /usr/share/mime/packages são fornecidos pelo pacote shared-mime-info , portanto, para corrigir o erro, ele deve ser suficiente para reinstalar o pacote - a partir do gerenciador de pacotes da GUI favorito ou da linha de comando
sudo apt-get install --reinstall shared-mime-info
Se você deseja restaurar /usr/share/mime-info e /usr/share/mimelnk , eles parecem pertencer a libreoffice-common
Outros pacotes podem ter instalado seus próprios arquivos abaixo de /usr/share/mime - para identificá-los, você pode usar
dpkg -S /usr/share/mime