O Pecl instala o inotify em /usr/lib/php/20151012/inotify.so
e isso não é carregado por nenhum php.ini padrão. Por isso, precisa ser adicionado, criando /etc/php/7.0/mods-available/inotify.ini
com o seguinte conteúdo:
extension=inotify.so
e, em seguida, executando sudo phpenmod inotify
Agora funciona:
$ php -r "var_dump(function_exists('inotify_init'));"
bool(true)