De myproject/docs/copy.sh
você quer dois diretórios para cima e para o alvo. Você pode fazer isso com ...
../../target/myapp.jar
Isso embora ...
scp ~/Projects/myproject/target/myapp.jar user@myip:/var/www
Eu usaria uma variável e a colocaria no início do seu script ou de uma configuração. Você não pode usar ../../ dentro do scp
quando tiver "Projetos" acima dele.
Isso lhe dará o diretório em que seu script está:
DIR="$( cd "$( dirname "${BASH_SOURCE[0]}" )" && pwd )"