Por fim, não consegui executar meu programa na nova janela de terminal aberta, mas alterando as preferências do Geany ele pode executar o script python em seu terminal (abaixo da janela do editor)
então abra o Editar - > As preferências vão para o separador terminal e verificam os dois últimos itens:
- Executar programas no VTE
- Não use o script de execução