O Ubuntu 16.04 usa o systemd em vez do antigo sistema init. O comando que você está procurando é:
sudo systemctl isolate multi-user.target
Você também pode alterar o comportamento de inicialização padrão com
sudo systemctl set default multi-user.target
Para retornar ao estado normal do sistema, você precisará isolar ou definir o graphical.target.
Você pode ler mais aqui: link