Use gnome-disk-utility . Você pode executar isso a partir da linha de comando ou procurar Disks usando o HUD. Deve dar-lhe informações de todos os discos montados e como eles estão cheios. Também existem utilitários baseados em texto, mas isso deve ser feito.
Agora, para analisar o que está ocupando a maior parte do espaço, você pode usar Disk usage analyzer .