Eu criaria um script de wrapper simples.
Se o programa é apenas para seu uso e você deseja mantê-lo em ~/Desktop/ufonet , então crie um script executável
#!/bin/sh
cd $HOME/Desktop/ufonet && ./yourscript
e coloque-o em ~/bin , que é adicionado ao seu PATH pelo padrão do Ubuntu ~/.profile .
Se você quiser disponibilizar o programa para outros usuários, faça basicamente a mesma coisa, mas coloque o wrapper em /usr/local/bin . Nesse caso, sugiro mover todo o diretório ufonet para /usr/local , para que o wrapper se torne
#!/bin/sh
cd /usr/local/ufonet && ./yourscript