Sugiro fazer o backup e, em seguida, limpar e reinstalar o servidor mysql.
Você pode instalar o automysqlbackup?
sudo apt-get install automysqlbackup
Em seguida, execute o automysqlbackup a partir da linha de comando e faça também um backup do diretório / etc:
sudo /usr/sbin/automysqlbackup
sudo rsync -av /etc/ $HOME/etc-backup/
Verifique se o automysqlbackup criou os backups com êxito:
sudo ls -la /var/lib/automysqlbackup/daily/
Depois disso, remova os pacotes do servidor mysql, limpe a configuração e reinstale o servidor mysql:
sudo apt-get remove --purge mysql-server*
sudo apt-get install mysql-server
Coloque de volta seus mysqldumps, copiando do diretório "daily" mencionado automaticamente do automysqlbackup, descompacte o arquivo e, em seguida:
sudo mysql --defaults-file=/etc/mysql/debian.cnf
mysql> create database example-db;
mysql> quit
sudo mysql -u root -p example-db < example-db-daily.sql
Faça o mesmo para todos os seus bancos de dados.