Isso foi feito intencionalmente, pois nautilus faz parte do projeto Gnome, que decidiu remover as barras de menu e substituí-las por um botão na janela. 
Os menus da barra de título do Nautilus desapareceram em 16.10
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Eu tenho dois sistemas que eu fiz um upgrade no local de 16.04 para 16.10 e ambos estão faltando as opções de menu no Nautilus. Eu recebo a opção de menu de arquivo, mas a opção abaixo dela está incompleta como nesta captura de tela.
MissingMenusUbuntu16.10 
por Thomas Lawrence
14.11.2016 / 12:31
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por
db429
14.11.2016 / 16:06