Dentro do diretório home, há muito poucas recomendações sobre o que colocar onde. Neste caso particular, é completamente com você. Eu iria desencorajar você a colocá-lo em /opt .
As únicas pastas "padronizadas" de meu conhecimento dentro de /home/$USER são .local .config e .cache . Como todos os hidden folders em /home/$USER - aqueles com ponto infront - eles mantêm configurações e arquivos de aplicativos específicos do usuário. Eles podem ser mostrados em nautilus pressionando Ctr-h .
Eu recomendaria tornar a pasta TorBrowser também oculta, editando-a depois de desembrulhar. Após a primeira inicialização do Tor Browser Bundle, copie uma cópia do arquivo Start TorBrowser para ~/local/share/applications/ , isso permitirá que você encontre o TorBrowser no menu do seu aplicativo (unidade, gnomeshell-activity, etc) e se a execução for exibida como TorBrowser e não o Firefox. Dentro de um terminal isso pode ser feito, depois de mover dentro da pasta TorBrowser via cp start-tor-browser.desktop ~/.local/share/applications/start-tor-browser.desktop .
Como o TorBrowser salva seus downloads dentro de sua própria pasta Eu fiz um bookmark dentro do nautilus chamado Townloads, para facilitar o acesso.