Execute o aplicativo Configure Wine a partir do launcher ou abra um terminal com Ctrl Alt T e emita o comando Comando winecfg
De qualquer forma, você obterá uma janela de configuração para o Wine. Certifique-se de estar emulando a versão correta do Windows para o seu aplicativo e de que as configurações em todas as guias estejam são. Exemplo de mapeamento de unidade abaixo:
Nota: Em uma instalação típica do Wine, o diretório anotado em sua pergunta pode ser encontrado em ~/.wine/drive_c/windows/system32
e você pode examinar o conteúdo com o comando.
ls ~/.wine/drive_c/windows/system32
Você pode encontrar a localização do arquivo Set-up.exe em sua pergunta com o comando de terminal find ~/.wine -name Set-up.exe
, desde que esteja perto de onde deveria estar.
Caso você tenha colocado em algum lugar fora do ambiente de mapeamento da unidade Wine, você poderá localizá-lo com o comando sudo find / -name Set-up.exe
Se alguma coisa nesta resposta não estiver clara, deixe-me um comentário e eu farei o meu melhor para esclarecer.