Você pode usar ps para encontrar o PID do processo e passá-lo para kill :
kill $(ps -C /usr/lib/gvfs/gvfsd-mtp -o pid=)
O sinalizador -C especifica um nome de comando para procurar na lista de processos, e a opção -o pid= significa que ps imprimirá apenas o PID. O resultado é passado como o único argumento para kill .