Parece que o ServerPilot está usando seu próprio pacote personalizado do Apache com base nas informações que você forneceu.
Um rápido Google para ServerPilot e personalização da configuração leva-me a esta página para personalizar as definições do Apache . Isto é provavelmente o que você precisa seguir, mas você precisa estar seguindo a documentação do ServerPilot de qualquer forma.
Personalizações de aplicativo (host virtual)
Adicionando configurações de aplicativos
A maneira mais fácil de personalizar a configuração do Apache de um aplicativo é adicionar novos arquivos no diretório:
/etc/apache-sp/vhosts.d/APPNAME.d
Observe que o Apache carrega arquivos de configuração do diretório acima em ordem alfabética.