para responder 1)
Sim, esses diretórios devem pertencer a você, não ao root. você pode seguramente chown de volta para você.
quanto à segunda pergunta:
isso pode acontecer se você executar programas usando sudo .
Você pode ver por que, quando você executa sudo env , que informa HOME ainda é /home/username em vez de /root .
Para evitar essa confusão, você pode usar sudo da seguinte forma:
sudo -u root -H env
agora você pode ver HOME=/root . Em vez de env você também pode usar qualquer outro comando.