Não sei porque eles deletaram essa linha no Ubuntu, mas o Debian inclui:
// Set this value to "true" to get emails only on errors. Default
// is to always send a mail if Unattended-Upgrade::Mail is set
//Unattended-Upgrade::MailOnlyOnError "true";
Se o seu /etc/apt/apt.conf.d/50unattended-upgrades
não incluir a linha (e o changelog não desista desta mudança no presice) é muito estranho, mas pelo menos não diz que eles mudaram o comportamento. Eu uso uma versão ligeiramente atualizada (0.80 ~ sid2 em oposição a 0.79.3ubuntu4 que o Ubuntu inclui no repositório precise-updates) e ele irá enviar um email somente em erros (eu não recebi um email por enquanto). Basta escrever as linhas no seu arquivo de configuração e tudo deve estar funcionando:
Unattended-Upgrade::Mail "[email protected]";
Unattended-Upgrade::MailOnlyOnError "true";
Você pode querer executar sudo unattended-upgrade -v -d --dry-run
para verificar o processo inteiro sozinho.