Não estou muito familiarizado com o owncloud nem com o modo como ele lida com conflitos de arquivo, mas há algumas opções do Keepass que você pode alterar para tentar obter a funcionalidade desejada.
Se você quiser que o Keepass seja somente leitura e sempre o abra na máquina de origem, você pode tentar usar a opção de arquivos de bloqueio nativos do Keepass em Tools → Options → Advanced → File Input/Output Connections → Use database lock files
. Eu diria que isso forneceria uma função semelhante, embora provavelmente não seja a maneira mais segura de fazer as coisas.
Você também pode tentar a opção Do not ask whether to synchronize or overwrite; force synchronization
(na mesma seção) para garantir que as atualizações do banco de dados sejam sempre sincronizadas, o que (acredito) deve evitar a maioria, se não todos os conflitos.
Para o armazenamento de dados real, enquanto você pode ocultar ou mostrar detalhes como "Hora da última modificação", tenho certeza que você não pode realmente remover a variável ou dizer ao Keepass para não rastrear essa informação.