O que está acontecendo aqui é que desde o Ubuntu 15.04 as distribuições do Ubuntu usam systemd init-service ao invés do SysVinit ou Upstart. Portanto, um serviço deve ser desativado com este comando:
sudo systemctl disable SERVICENAME.service
Se alguém está confuso com todas essas coisas: init-service, systemd, SysVinit, Upstart eu recomendo ler o Capítulo 15 "Iniciando e Parando Serviços" em a Bíblia do Linux de Chris Negus