Eu tenho um dual boot com o Windows 10 e Ubuntu 16.04 (Após a atualização de 14.04).
Após a atualização, tudo correu bem para o primeiro dia, mas agora, quando eu seleciono um arquivo (clique simples e duplo clique), ele é excluído automaticamente e o arquivo vai para o lixo.
Além disso, quando eu desligo ou inicializo, há um gráfico de tipo de console que exibe algo muito rápido antes de fazer qualquer coisa que não aconteceu no primeiro dia após a atualização.
Seu sistema de arquivos está sujo. Você precisa executar um fsck manual. Inicialize no modo de recuperação no menu GRUB. Em seguida, escolha root . No prompt, digite:
sudo fsck -f /
repita até que não haja mais erros. Em seguida, digite: reboot
Espero que isso corrija seu sistema de arquivos e cuide dos problemas que você vê com exclusões. Relate de volta.