Todos estes comandos fazem coisas muito diferentes e não se espera que executem em quantidades de tempo semelhantes.
A etapa 3 está ignorando completamente o espaço de usuário do eCryptfs, já que você está usando a opção -i de montagem.
As etapas 1 e 2 estão realizando operações intensivas da CPU para garantir que as chaves baseadas em frase secreta não sejam facilmente obrigatórias. Alongamento chave ou fortalecimento de chaves são termos comuns que descrevem o processo.
O passo 1 realiza o alongamento da chave em uma frase secreta.
O passo 2 realiza o alongamento das 3 senhas. Esse é o resultado de um erro infeliz introduzido quando o suporte inicial criptografado foi implementado originalmente. O alongamento de chaves é realmente necessário apenas no que você chama de "frase secreta", mas também está acontecendo no fekek (chave de criptografia de chave de criptografia de arquivo) e fnek (chave de criptografia de nome de arquivo). Esse comportamento foi preservado para compatibilidade com versões anteriores e, embora possa ser corrigido no futuro, não há planos para corrigi-lo no momento. Nós certamente entretemos alguém contribuindo com patches para o projeto upstream para consertá-lo de uma maneira que não prejudique a compatibilidade com versões anteriores.