De acordo com o seu modelo de PC, conforme fornecido em um comentário (Lenovo G585), podemos concluir que este é um laptop que possui uma webcam integrada.
Enquanto seu computador tem apenas três portas USB externas, as outras duas são usadas para coisas internas, como a webcam e talvez outro dispositivo no seu computador (meu palpite é o leitor de cartão SD). Para o sistema, isso ainda é tecnicamente uma "porta" USB, embora não esteja disponível para seu uso. Você pode identificar quais são esses dispositivos internos usando lsusb
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