Você ou alguém excluiu o diretório Downloads. O que você vê na GUI é um atalho. Que o alvo do atalho não existe mais não faz o atalho desaparecer.
Tudo o que você precisa fazer é criar esse diretório novamente:
mkdir Downloads
~$ pwd
/home/username
~$ cd Downloads
bash: cd: Downloads: No such file or directory
Eu corro acima dos comandos e não consigo navegar para o diretório Downloads nem do terminal nem do usuário gráfico
Eu posso navegar em outros diretórios, o problema é apenas com o diretório Downloads
Estou usando o Ubuntu 16.04
Você ou alguém excluiu o diretório Downloads. O que você vê na GUI é um atalho. Que o alvo do atalho não existe mais não faz o atalho desaparecer.
Tudo o que você precisa fazer é criar esse diretório novamente:
mkdir Downloads