Obrigado @JonasC, eu consegui reduzi-lo facilmente.
Primeiro você precisa do R.I.P.-linux ou de qualquer outro sistema de recuperação com o zerofree util. Inicialize este sistema de recuperação e execute
zerofree -v /dev/sda1
Em seguida, pare a máquina virtual e execute no host
vboxmanage modifyhd /path/to/thedisk.vdi --compact
O resultado é óbvio:
$ls -sh Ubuntu.vdi
12G Ubuntu.vdi
$ vboxmanage modifyhd Ubuntu.vdi --compact
0%...10%...20%...30%...40%...50%...60%...70%...80%...90%...100%
$ ls -sh Ubuntu.vdi
8.2G Ubuntu.vdi