Eu continuei pesquisando e encontrei 4 boas implementações de web-ftp:
- AjaXplorer usando a seguinte configuração: FTP
- net2ftp
- FTP da Web
- phpWebFTP
Tudo funciona muito bem com o apache2 (com https) e o proftpd (usado para sua grande integração com o PAM e facilidade de uso). No entanto, os dois últimos são um pouco antigos e seus projetos não são os mais bonitos. e o net2ftp tem um banner enorme com seu nome, bem como uma tela de login "complicada", com muitas opções que um usuário simples não precisa. É por isso que atualmente estou usando o AjaXplorer.
Se alguém mais tiver ótimos scripts web-ftp para o apache2, por favor, recomende-os!