transmission-remote
interage com transmission-daemon
, que não foi iniciado junto com transmission-gtk
, daí o erro.
Em qualquer caso, não há nenhuma maneira direta de impedir que uma torrente seja verificada (nem pela linha de comando nem pela GUI).
No entanto, você pode simplesmente fechar a Transmissão através da GUI, e o torrent será pausado imediatamente pulando a verificação. Não há risco de eliminar os dados (se você mudar de ideia, precisará verificar o torrent desde o início novamente).
Como alternativa, a partir da linha de comando, você pode enviar um sinal SIGTERM para o processo, que será tratado e interpretado da mesma forma que um fechamento da GUI:
pkill -x transmission-gt