Eu estava tendo problemas com "click focus" também, principalmente com o Chrome (não usando a barra de título do sistema) e Guake e o que foi feito para mim no editor do dconf, org.gnome.desktop.wm.preferences
valores da seguinte forma:
- auto-rise: em
- modo de foco: clique em
- focus-new-windows: estrito (*)
- modificador do botão do mouse: padrão
(*) Parece afetar o comportamento de foco das janelas sem barra de título (como o Google Chrome e o Guake).
Espero que ajude.
Editar: Ubuntu 16.04 w / Gnome-shell 3.18.4